학교법인 내부회계간 자금이동만으로 손금산입된 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 볼 수 없다는 취지의 조세심판원 인용 도출

2025.09.18.

율촌은 학교법인을 대리하여 학교법인 내부회계 간 자금 이동이 있다는 이유만으로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항의 적용대상이 될 수 없다는 취지의 인용 결정을 이끌어 냈습니다.


과세관청은 학교법인 내부회계 간 자금 대여 및 상환이 이루어지고 위 자금을 재원으로 하여 수익용 기본재산을 취득한 것에 대해, 자금 상환은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 및 법인세법 기본통칙 113-156…3 제2항에 따라 손금 산입된 고유목적사업준비금의 사용분에 해당하고, 수익용 기본재산을 취득한 것은 고유목적사업준비금을 고유목적 외로 사용한 것이라고 보아 법인세를 부과하였습니다.


율촌은 학교법인이 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 적법하게 사용하고 있음을 강조하고, 법인세법과 사립학교법상 구분경리에 관한 규정의 차이점을 면밀히 분석하였습니다. 율촌은 이를 바탕으로 ① 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금 산입 제도의 취지, ② 대여금 상환 및 지출은 실질적으로 수익사업 내의 지출로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항의 적용 대상이 아닐 뿐만 아니라, ③ 법인세법 시행규칙 제76조 제4항은 비영리법인에게 혜택을 주기 위한 취지의 규정이라는 점 등을 정치하게 주장하였습니다. 이에 조세심판원은 율촌의 주장을 그대로 받아들여 부과처분을 모두 취소하는 결정을 하였습니다.


본건은 선행 결정례가 없던 사안에서, 학교법인이 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 적법하게 사용하였음에도 비영리법인의 내부회계간 자금 이동이 있었다는 형식적 사유만으로 고유목적사업준비금의 목적 외 사용으로 볼 수 없다는 새로운 결정을 이끌어냈다는 점에서 의미가 있습니다.